En ese momento, Giovanni llega junto al ejército del Team/Equipo Rocket con la intención de capturar a Mewtwo. Mientras Mewtwo esperaba el momento para escapar a otro lugar, el Team/Equipo Rocket captura a los Pokémon clones y en ese instante Mewtwo interviene y les libera. Giovanni amenaza a Mewtwo con hacer daño a los Pokémon clonados si este no le obedece, entonces Mewtwo accede a obedecer a Giovanni y este aprovecha la situación para encerrarlo en una bola de energía especialmente creada para contener el poder de Mewtwo.Mientras, Ash y sus amigos deciden ir en busca de Pikachu, que cayó por accidente en el monte que había en el centro del lago. Pikachu se une a los Pokémon clonados para defender el Lago Pureza y a sus Pokémon.
El Team/Equipo Rocket sigue con sus malvados planes y comienza a construir una base secreta en el Monte Pureza y capturando a los Pokémon que lo habitaban. Poco después Ash y sus amigos llegan al monte del centro del lago e intentan defender a los Pokémon pero son capturados por el Team/Equipo Rocket.
En ese momento una bandada de Butterfree interviene y atacan con Somnífero al ejército del Team/Equipo Rocket y todos caen dormidos al suelo. Ash y sus acompañantes aprovechan ese momento para huir e ir en busca de Pikachu.
Giovanni sigue teniendo a Mewtwo apresado en la bola de energía e intenta hacerle daño para que se rinda y obedezca sus órdenes, pero Mewtwo se resiste y le responde: "puedes doblegar mi cuerpo, pero no doblegarás mi voluntad". Ash llega allí y encuentra a Pikachu junto a otros Pokémon que intentan ayudar a Mewtwo. Todos juntos intentan destruir las máquinas que tienen apresado a Mewtwo en la bola de energía pero no lo consiguen, entonces Mewtwo saca toda su fuerza y logra liberarse con la ayuda de Pikachu, pero cae al suelo malherido.
Ash lleva a Mewtwo al manantial para que se cure y lo tira al agua. En ese momento Mewtwo recuerda haber estado ya en ese lugar y ve a Mew, a continuación Mewtwo recupera todas sus fuerzas y sale a la superficie. Una vez recuperado Mewtwo utiliza sus poderes psíquicos para derrotar al Team/Equipo Rocket.
Mewtwo quiere borrar la memoria a todos de nuevo, pero Ash y el resto de los Pokémon le convencen para que solo borre la memoria a aquellos que les han hecho daño, por esta razón Mewtwo solo borra la memoria a los miembros Team/Equipo Rocket y a Giovanni.
Mewtwo comprende entonces que los Pokémon clonados tienen el mismo derecho a formar parte del mundo que los Pokémon normales y decide dejarles junto al resto. Finalmente Mewtwo se despide de Ash y se va el solo volando hacia el horizonte.
Al día siguiente Ash, Brock y Misty cogen el autobús y llegan a una nueva ciudad dispuestos a seguir con sus aventuras y con la sensación de que Mewtwo sigue observándoles desde alguna parte.
Al final de la historia, se dice que por las noches, muchos vecinos avistan a un extraño Pokémon rondando en las calles.
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